蛋白质测序是研究蛋白质结构与功能的核心技术，广泛应用于靶点发现、机制解析、生物标志物筛选、抗体表征等生物医学研究和药物开发领域。然而，随着质谱技术和化学测序手段的不断发展，市面上可选的蛋白质测序技术越来越多，不同技术的适用场景、分辨率、成本和通量也有所差异。那么，面对众多测序方案，科研人员应如何科学选择最适合的蛋白质测序技术？本文将从技术原理、核心优势、典型应用和选择建议四个方面进行系统解析，助力您做出高效决策。

一、蛋白质测序技术的主流类型

蛋白质测序主要分为两大类：基于质谱的分析型测序（Bottom-up / Top-down） 和基于Edman降解的化学测序，以及新兴的单分子测序方法。目前常用的包括：

1、Bottom-up 蛋白质质谱测序（肽段级）

（1）原理：将蛋白质酶解为肽段，通过LC-MS/MS分析肽段序列

（2）优点：高通量、高灵敏度、适用于复杂样本

（3）限制：肽段映射存在不完全覆盖风险，PTM信息可能丢失

2、Top-down 蛋白质测序（全长级）

（1）原理：对完整蛋白进行质谱裂解，直接读取片段结构

（2）优点：可保留修饰信息，适用于单一蛋白、蛋白异构体解析

（3）限制：对蛋白纯度和质谱分辨率要求极高

3、Edman降解（经典化学测序）

（1）原理：氨基末端逐个循环切除并鉴定氨基酸残基

（2）优点：序列准确率高，适合小分子肽段

（3）限制：序列长度有限，一般不超过30个氨基酸；对N端封闭蛋白无效

4、单分子蛋白质测序（正在发展中）

（1）原理：通过纳米孔、荧光或光学方法直接读取单分子氨基酸序列

（2）优点：理论上可实现单细胞分辨率

（3）限制：仍处于研发或早期商业化阶段，成本高、精度待优化

二、不同应用场景下的蛋白质测序技术推荐

根据研究目标的不同，蛋白质测序技术的选择也应有所侧重。以下是常见科研或药物开发场景下的推荐策略：

1、抗体表征与确认序列

（1）推荐技术：Top-down质谱 或Edman降解结合质谱

（2）原因：需要识别抗体的可变区（CDR）序列和轻重链组合，且要求序列准确性高

（3）百泰派克解决方案：支持原液抗体、杂交瘤上清或纯化产物的抗体全序列分析，结合酶切优化与高分辨Orbitrap测序，准确度>98%

2、新蛋白/未知蛋白的初步鉴定

（1）推荐技术：Bottom-up质谱测序（de novo + database search）

（2）原因：无需已知序列，适合物种数据库缺乏或全新蛋白探索

（3）百泰派克支持：搭建多酶酶解 + 多段母离子筛选 + 数据库+反向数据库的混合算法，提升未知蛋白识别能力

3、蛋白翻译后修饰（PTM）位点测序

（1）推荐技术：Bottom-up + ETD/HCD串联质谱

（2）原因：需解析磷酸化、乙酰化、糖基化等修饰位点的精确位置

（3）百泰派克优势：支持多种PTM富集策略，配合二级碎裂优化策略提高鉴定覆盖率

4、蛋白药一致性/稳定性研究

（1）推荐技术：Top-down测序 + 高分辨同分异构体解析

（2）原因：可用于批次一致性验证、突变体鉴定、降解产物分析

（3）百泰派克平台：具备 >240,000分辨率的Orbitrap Eclipse系统，可实现蛋白异构体水平解析

三、技术选型建议：如何快速做出决策？

在选择蛋白质测序技术时，可重点参考以下5个维度：

如果无法明确判断，建议选择具备多平台、多技术整合能力的第三方机构，如百泰派克生物科技，进行项目评估与策略设计。

百泰派克生物科技的蛋白质测序服务特色

百泰派克生物科技构建了完整的蛋白质测序平台，覆盖从低通量到高通量、从标准酶解到高级修饰识别的全流程技术能力：

* 高分辨质谱平台：Orbitrap Eclipse、timsTOF Pro 2

• 多重酶解策略：Trypsin、Glu-C、Chymotrypsin 等组合
• 高置信序列重建算法：支持 de novo + 数据库混合建库
• 抗体测序专线服务：支持杂交瘤细胞、原液抗体、表达产物全流程表征
• 专家级数据解读报告：涵盖序列图谱、置信评分、比对结果、可视化图例

我们致力于为高校科研团队、生物医药企业提供个性化、一站式的蛋白质测序解决方案。无论是探索性发现，还是产品级一致性分析，我们都能助您高效推进科研与开发进程。

蛋白质测序技术正以前所未有的速度革新，并不断拓展其在精准医学、抗体药物开发和基础研究中的应用边界。选择合适的技术方案，不仅影响数据质量，也直接关系到项目进展速度和研究深度。如果您正面临技术选型难题，欢迎联系百泰派克生物科技的项目经理，我们将为您提供免费的技术评估建议与项目设计支持，让您的每一次测序投资更具价值。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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